Trhlina mezi Afrikou a budoucím ostrovem se začala vytvářet od severu a pozvolna postupovala k jihu. K úplnému oddělení došlo přibližně před 121 mil. let a od té doby se Madagaskar pohybuje stálou rychlostí 1,7 - 1,8 cm za rok směrem na jihovýchod. Zároveň dochází k jeho mírné rotaci proti směru hodinových ručiček. Současná nejkratší vzdálenost přes Mosambický kanál je 520 km. Drobná souostroví rozkládající se při západním okraji Indického oceánu, jako např. Komory či Seychelly, vznikla v pozdější době následkem sopečné činnosti.
Současně je třeba upozornit na indický subkontinent, který se v dobách o nichž hovoříme, přimykal k Madagaskaru na východě. Separace obou celků proběhla o něco později než odtržení od Afriky a někteří autoři je označují jako subkontinent Lemuria. Tvrzení, že šlo o pevninský most mezi Afrikou a Asií, neboli Atlantidu jižní polokoule, jsou však spekulacemi.
Právě popsaný geologický vývoj měl rozhodující vliv na formování flóry a fauny ostrova. Dlouhodobá izolace byla příčinou samostatného vývoje mnoha tehdejších skupin živočichů a rostlin. Řada taxonů přežila právě jen na Madagaskaru, protože nebyla vystavena konkurenci organismů jiných kontinentů.
Z evolučního pohledu zůstává příroda Madagaskaru nejméně dotřenou. „Pouze“ je nutno zamezit importu nežádoucích druhů. Prozatím nebyla zaznamenána žádná invaze cizího organismu v rozsahu obdobném např. králičí pohromě v Austrálii. Výjimkou jsou zřejmě některé druhy rostlin - paradoxně Eucalyptus sp. z Austrálie a Agave a Opuntia ze Severní a Střední Ameriky. O jejich šíření se však často stará člověk záměrným vysazováním - to platí zejména o rodu Eucalyptus.
Klimaticky lze na Madagaskaru rozlišit několik základních oblastí (Bons in: Rakotovao a kol., 1988). Převažuje vzdušné proudění od severovýchodu, které se zpomaluje na úbočí pásu hor táhnoucího se severojižním směrem a ztrácí zde velkou část své vláhy. V těchto oblastech proto vznikl ekosystém tropického deštného lesa. Vůbec nejvyšší srážky jsou v okolí zálivu Antongil na severovýchodě Madagaskaru, kde každoročně spadne 9 000 mm vody (roční úhrn u nás je 550 mm). Pro větší názornost je možno si představit, že se jedná o 9000 litrů vody na každý čtvereční metr, čili přibližně 27 litrů za den na tutéž plochu.
Směrem na západ se rozkládá vysoko položená pahorkatina s relativně chladným klimatem (celoroční průměr 16 - 19 °C). Dnes je prakticky celá pokryta sekundární vegetací. Ještě západněji se mozaikovitě střídají savanové a stepní formace s opadavými lesy. Rozsáhlejší mangrovové porosty jsou výhradně u západního pobřeží, které je členitější a pozvolněji klesá k mořskému šelfu.
Nejzajímavějším a celosvětově naprosto unikátním ekosystémem je tzv. trnitý buš nebo také trnitá poušť (angl. spiny bush nebo spiny desert) na jihozápadě ostrova. Průměrné srážky zde dosahují 300 - 500 mm za rok, všechny však jen v krátkém období dešťů v únoru a březnu. Některá léta neprší vůbec. Poslední velká sucha postihla celý kraj v letech 1990 - 1993 a byla místy provázena hladomorem.
Trnitý buš má značně proměnlivý charakter, do značné míry závislý na lokálních geologických parametrech. Místa pokrytá hnědooranžovým lateritovým substrátem jsou vlhčího rázu a výrazně se od následujích odlišují přítomností travních společenstev. Dominantními rostlinami jsou zde zejména Aloe vaombe, Alluaudia procera
,
Acacia ssp a Kalanchoe beharensis.
Klasický trnitý buš je nejlépe rozvinut v místech, kde je povrch kamenitý až skalnatý. Ve většině případů jde o krasová území s vápencovým podložím. Bylinné patro téměř chybí. Charakteristický vzhled vytvářejí rostliny rodů Didierea (
a
čeledi Didiereaceae, Alluaudia, Alluaudiopsis a Euphorbia.
Výrazným prvkem jsou i zástupci rodu Pachypodium 
a některé druhy lián (Xerosicios, Cissus ap.)
Velká většina druhů je výrazně otrněných, což činí z trnitého buše těžko prostupný terén. Zapojený porost bývá obvykle jen 3 - 7 m vysoký a nejeví zřetelnou patrovitost. Jedinou výjimkou v tomto směru jsou obrovité baobaby Adansonia za, A. madagascariensis, A. digitata a A. fony (
) .
Poslední druh je v rámci rodu miniaturou, která zřídka dosahuje větších
rozměrů než 6 m výšky.
Procento endemizmu madagaskarské fauny a flóry je podivuhodné a sahá až na úroveň čeledí a nadčeledí. Snese srovnání jedině s endemizmem celých kontinentů respektive biogeografických oblastí. Proto bývá Madagaskar některými geografy vyčleňován do samostatné podoblasti a někdy dokonce i oblasti rovnocenné např. s etiopskou či palearktickou. Z asi 200 čeledí rostlin identifikoval White (1983) osm výhradně madagaskarských (viz tabulku). Jiní autoři (Guillaumet, Perrier de la Bathie) uvádějí menší počet endemických čeledí. Ekologicky největší význam mají Didiereaceae
,
které formují trnitý buš. Habitem se některé druhy poněkud podobají
americké
čeledi Fouquieriaceae (Rauh a Reznik, 1961). Rozhodně však nejde o
systematickou
příbuznost. Podobný vzhled vznikl jako adaptace na obdobné klimatické
podmínky.
Rodový endemizmus rostlin lze vyjádřit údajem 20 % nebo v absolutním čísle 238 rodů. Z celkového počtu asi 12 000 druhů je endemických 10 000 neboli 85 %. Lokálně se tyto údaje poněkud liší; nejvyšších hodnot dosahují právě v ekosystémech trnitého buše.
Situace u živočichů je obdobná. Překvapivý je 97% endemizmus savců (viz tabulku)
.
Kromě 16 druhů netopýrů a několika introdukovaných druhů (krysa, pes a
kočka, zebu a některá další domácí a synantropní zvířata) nenajdeme
žádného
madagaskarského savce nikde jinde na světě. Výjimku tvoří dva druhy
lemurů
(Eulemur mongoz a E. fulvus 
),
kteří obývají Komorské ostrovy, kam však byli zavlečeni člověkem až v
nedávné
době.
Další obratlovci ale i bezobratlí, již mají po světě více blízkých příbuzných. Nejvíce z pochopitelných důvodů ptáci (106 endemických druhů - 54 % dosud zaznamenaných).
Z madagaskarských obratlovců je nejzajímavější herpetofauna, a to z několika aspektů. Předně je to opět zarážející procento endemických druhů. Ze 144 druhů obojživelníků
a 257 druhů plazů
je 90 % výhradně madagaskarských. Při bližším zkoumání zjistíme, že
obojživelníci
a plazi vytvářejí jednak malé druhově chudé a naprosto izolované rody (Erymnochelys,
Acrantophis, Sanzinia a některé další), které představují
pravděpodobně
pozůstatky archaických linií živočichů obývajících Gondwanu v době
počátků
jejího rozpadu. Na druhou stranu obývá ostrov řada druhově velmi
bohatých
rodů, většinou endemických, které vznikly adaptivní radiací až po
osamostatnění
Madagaskaru. Jsou to např. rody Furcifer, Brookesia, ze scinků Amphiglossus
a mezi žábami kupříkladu Boophis nebop Mantidactylus.
Další pozoruhodnou skutečností je veliké množství nově objevovaných druhů herpetofauny. Vždyť jen od roku 1970 bylo popsáno 40 dosud neznámých obojživelníků!
Co bylo příčinou tak výrazné unikátnosti živočišstva a rostlinstva? Je ji skutečně pouze dlouhodobá ostrovní izolace? Téměř s jistotou lze říci, že nikoliv. Druhým neméně významným faktorem je vysoká heterogennost vegetačních pásem a oblastí. Na Madagaskaru (rozloha 587 041 km2) lze nalézt všechny základní typy rostlinných společenstev tropů, od deštných lesů, přes různé typy opadavých a poloopadavých porostů až po polopouště., Významné je i vertikální členění - lze se tu setkat i s horskými mlžnými lesy. Organismy tedy měly dostatek rozmanitých biotopů a množství volných nik. Řada forem díky tomu prošla po osamostatnění Madagaskaru obdobím bouřlivé radiace a speciace.
Vysoká čísla endemismu jsou zdrojem značných obtíží, které vznikají při zjišťování vazeb madagaskarských druhů na světovou faunu a flóru. Nedaleká přítomnost Afriky dává tušit úzký vztah. Opak je však pravdou. Blízkost Indie, i když relativně nedlouhá, zanechala dodnes zjistitelné stopy. Flóra i fauna má proto nejvýraznější afinitu k Asii (všimněte si paralely s asijským původem dnešních obyvatel ostrova). Poměrně dobře však lze vystopovat i vazby na Ameriku, zejména Jižní.
Uveďme některé příklady. Zatímco příslušníci plazí čeledi Agamidae obývají starý svět, Iguanidae se vyskytují v Americe a na Madagaskaru, kde naopak chybějí zástupci čeledi Agamidae. Situace je obdobná u hroznýšovitých hadů, kteří jsou nejpočetněji zastoupeni na americkém kontinentě, ale 3 druhy byly zjištěny i na Madagaskaru. Z rostlinné říše jsou velmi podobným příkladem kaktusy z rodu Rhipsalis
,
které rostou ve 3 druzích na Madagaskaru. Další příslušníci rodu i celé
čeledi Cactaceae jsou v Americe.
Kapitolou, která by v přehledu o přírodě Madagaskaru neměla chybět, jsou lidé. Ve světě zvířat a rostlin byli a zejména jsou velmi významným ekologickým činitelem.
První lidé připluli na ostrov někdy mezi 10. a 16. stoletím před n. l. z Afriky. Byli to primitivní lovci a sběrači černošského kmene Vazimba. Zhruba 300 let před začátkem našeho letopočtu následuje druhá vlna osídlenců, tentokrát z Malajsie. Zcela vytlačuje „původní“ africké obyvatelstvo a zakládá první zemědělské osady. Posledním významnějším přílivem obyvatel byl příchod černochů a Arabů v 11. století. Dnešní Malgašové, jak zní souborné označení pro celou řadu etnických skupin, v sobě tedy mísí rysy asijské a africké.
Dnes je člověk, bohužel, vpravdě dominantním biologickým druhem na celém Madagaskaru. Jeho negativní vliv na přírodu je obrovský. Odborná veřejnost celého světa si uvědomuje unikátnost madagaskarské přírody a mezinárodní ochranářské organizace vyvíjejí silný tlak na vládu i nejširší obyvatelstvo Malgašské republiky. O nejrůznějších aspektech ochrany přírody unikátního ostrova pojednáme podrobneji v některém z příštích čísel.
